Rodzina byłego cara była więziona od kwietnia w Jekaterynburgu w domu inżyniera Ipatiewa.  Lenin zdecydował o ich wymordowaniu prawdopodobnie na początku miesiąca. 12 lipca formalną decyzję o rozstrzelaniu podjęła  Rada Uralska, a zgodę na egzekucję wydał przewodniczący Centralnego Komitetu Wykonawczego Jakow Swierdłow. Uzasadnieniem mordu było spodziewane wejście do Jekaterynburga wojsk białych i Korpusu Czechosłowackiego , które mogły wyzwolić cara. Zaraz po północy 17 lipca rodzina carska została zbudzona i rozkazano jej zejść do piwnicy, rzekomo z powodu grożącego im niebezpieczeństwa. W pokoju w piwnicy poza byłym carem znalazła się jego żona, cztery córki oraz syn Aleksy, a także lekarz, kucharz, kamerdyner i pokojówka.   Dowodzący mordem Jakow Jurowski odczytał ofiarom wyrok, po czym grupa egzekucyjna zaczęła strzelać. Ci którzy nie zginęli od razu od kul, byli dobijani bagnetami. Ciała zostały następnie załadowane na ciężarówkę i wywiezione do lasu,  gdzie zwłoki zostały oblane kwasem, poćwiartowane i wrzucone do nieczynnych szybów dawnej kopalni. Bolszewicy chcieli nie tylko zabić cara i jego rodzinę, ale także ukryć wszelkie ślady po tym mordzie, aby groby pomordowanych nie stały się miejscami kultu.

(Na zdjęciu: fragment portretu cara Mikołaja II namalowany przez Earnesta Lipgarda na początku XX w.)